El órgano superior de gobierno de la Fundación Alares® es su Patronato, cuyas funciones vienen encomendadas en los Estatutos y que son las propias de la Dirección Estratégica de la institución.
El Patronato, consecuentemente con ello y lo establecido legalmente, aprueba la estrategia y los planes anuales de actuación de la Fundación y, a través de ellos, el conjunto de proyectos y actividades concretas que conforman cada plan anual. Asimismo, es de su competencia la aprobación de los presupuestos anuales y su seguimiento y control de la gestión de la Fundación para cada ejercicio y en su evolución general.
El Patronato, a propuesta de su Presidente, nombra entre sus miembros un Comité Ejecutivo, que constituye su representación permanente y se ocupa de la gestión ordinaria de la Fundación. Además, el Patronato puede constituir cuantos Comités Asesores e Específicos considere oportuno para la buena marcha de la acción fundacional.